航运技术与控制工程交通运输行业重点实验室（原航运仿真中心）成立于1999年11月，是交通运输部首批设立的17个重点实验室之一。2006年5月经交通运输部批准，正式由“航运仿真中心”更名为“航运技术与控制工程交通行业重点实验室”。重点实验室现有固定研究人员42人，其中教授18人，副教授12人，高工1人，副研究员1人，顾伟教授任实验室主任。
重点实验室拥有三个实验平台：船舶、港口自动化与网络控制实验平台，船舶电力推进与大功率传动控制实验平台，航运仿真与决策支持实验平台，为承担交通领域重大科研项目、解决航运技术重大问题、培养和集聚高层次交通科技人才提供了实验与科研条件。
重点实验室具有较强的科研实力，先后承担了上百项国家、交通部、上海市及港航企事业单位的科研项目，获得了多项省部级科技奖项。近年来，获得的主要科技奖项包括：上海产学研合作优秀项目特等奖1项，云南省技术发明奖一等奖1项，上海市科技发明奖1项，上海市科技进步奖10余项，中国航海科技奖1项；承担的主要项目包括：国家重点研发计划项目1项、国家智能制造装备发展专项项目1项，国家科技支撑计划项目1项，国家自然科学基金项目30余项，国际合作项目4项，省部级项目50余项；获得专利授权100余项；在国内外权威学术期刊上发表学术论文400余篇。
航运技术与控制工程交通运输行业重点实验室在交通运输部、上海市的领导下，在上海海事大学的支持下，实行“开放、交流、合作、竞争”的运行机制，正逐步建设成为我国交通科技创新和科技服务的重要基地。